Stando alla leggenda agiografica, la prima apparizione sarebbe avvenuta nella caverna sul Gargano intorno al 490 dC: l’Arcangelo si mostrò al pastore Gargano mentre questi era in cerca di un toro che si era perduto nei boschi del promontorio e, pochi giorni dopo, apparve una seconda volta al vescovo Lorenzo Maiorano, a cui ordinò di riservare per sempre la grotta al suo culto. La monumentalizzazione del luogo rientrò ben presto nel progetto bizantino di consolidamento del potere politico nell’area della Daunia, ma furono i Longobardi a dargli grande rilevanza, in particolar modo dal maggio 663, quando l’esercito di Grimoaldo di Benevento sbaragliò i Bizantini di Costante II proprio ai piedi del Gargano, nell’area di Siponto. Da questo momento la venerazione si diffonde lungo tutta la penisola. La grotta fu tenuta in grande considerazione anche nei secoli successivi, in particolare in età normanno-sveva (l’imperatore Federico II fece dono al santuario di una preziosa croce d’argento), ma con l’avvento di Carlo d’Angiò e degli Angioini il complesso carsico mutò radicalmente volto e assunse la fisionomia di un vero e proprio luogo di culto e di pellegrinaggio. Il sovrano avviò la costruzione del poderoso campanile ottagonale a partire dal 1274, quindi diede impulso alla realizzazione di un atrio e di una lunga gradinata che scende alla grotta, composta di cinque rampe coperte da volte a botte, che consentono ai pellegrini di calare e poi risalire in maniera ordinata; i lavori si protrassero nel corso dei secoli XIII e XIV (il portale destro, di accesso alla gradinata, porta la data 1395), tuttavia le aggiunte ei rifacimenti si sono susseguiti fino all’età moderna (l’atrio di ingresso superiore è stato rifatto nel 1865). Al livello inferiore, al termine delle rampe di pietra lungo cui restano le tracce secolari lasciate dai pellegrini, tramite la “Porta del Toro” si accede a un secondo atrio, dove un magnifico portale immette nel santuario vero e proprio; varcate le massicce porte di bronzo, lavorate a Costantinopoli nel 1076, si entra nella “grotta dell’apparizione”, che è preceduta da una monumentale navata con volte a crociera, anch’essa realizzata in età angioina, in fondo alla quale si trova la barocca cappella del SS. Sacramento, del 1690. Straordinarie opere d’arte si conservano nel santuario: la statua di San Michele Arcangelo, sull’altare maggiore, è opera del Sansovino e risale ai primi del ‘500; la cattedra episcopale è datata al 1050, l’epoca del vescovo Leone Garganico; la Madonna di Costantinopoli, entro un’edicola, è una scultura in pietra del XII/XIII secolo; le sculture della Trinità, di san Sebastiano e un altro piccolo san Michele (posto entro il “pozzetto”) sono invece del XV secolo. Nel Museo devozionale annesso si conservano numerosi ex voto e altre raffigurazioni risalenti a varie epoche, tra le quali spicca un’icona in lamina di rame dorato raffigurante l’Arcangelo, databile al IX/X secolo,mentre nelle cripte vi sono notevoli frammenti di scultura medievale, porzioni di pulpiti, lastre di plutei altomedievali e le rarissime iscrizioni di età longobarda del primitivo santuario, databili dal VII secolo in poi. La basilica è oggi tutelata come patrimonio dell’UNESCO.